El refugio fue declarado Sitio RAMSAR en 1991 al considerarse de importancia internacional por los recursos naturales que protege. Se ubica entre Los Chiles frontera norte de Costa Rica, con un área de 9.969 hectáreas.

Fue creado para proteger humedales de gran importancia para la vida silvestre, tanto terrestre como acuática y como un reservorio a perpetuidad de especies únicas de la zona.

Es un sistema lagunar con una población alta de caimanes entre otros reptiles, anfibios y mamíferos como monos aulladores, araña y cariblancos, además de ser el hábitat del impresionante fósil viviente pez gaspar (atractosteus tropicus) y el refugio para alimento y resguardo de gran cantidad de aves migratorias que viajan desde el norte del Continente Americano.

Esta área es mixta, dado que comprende territorio protegido por el Estado y una porción pertenece a manos privadas que se encuentran reguladas por Ley en el manejo de sus propiedades.

Caño Negro colinda con sitios de vital importancia para los ecosistemas como el Corredor Biológico del Río Frío, los humedales de Medio Queso y las zonas húmedas al sur del lago de Nicaragua, completando una muestra sobresaliente de características únicas a nivel de biodiversidad en el norte de Costa Rica.